2019年11月14日正式发布的《全国法院民商事审判工作会议纪要》（以下简称《九民纪要》）就该制度在司法实践中出现的几个颇具争议性的问题作出回应，以促进该制度的准确、统一适用。

关于提起股东代表诉讼的原告股东资格问题，我国公司法及相关司法解释对股份有限公司股东设置了持股期限及数额双重限制，即必须连续180日单独或合计持有1%以上的股份，对有限责任公司股东则未提出特别要求。而对于是否允许股东针对其取得股权之前的不法行为提起股东代表诉讼的问题，没有作出具体规定。

《九民纪要》明确了我国在这一问题上的态度——「何时成为股东不影响起诉」。「股东提起股东代表诉讼，被告以行为发生时原告尚未成为公司股东为由抗辩该股东不是适格原告的，人民法院不予支持」。即股东取得股权是在不法行为发生前还是不法行为发生后不会影响原告提起股东代表诉讼的主体资格。

为尊重公司内部治理，防止少数股东滥诉扰乱公司经营活动，公司法第一百五十一条及相关司法解释对股东代表诉讼设置了前置程序：股东应当先书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；监事给公司造成损失的，股东可以向董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事提出书面请求。监事会、监事、董事会、执行董事收到前款规定的股东书面请求后拒绝提起诉讼或者自收到请求之日起三十日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，股东才可以提起股东代表诉讼。

然而如果一味要求股东履行“竭尽公司内部救济”的程序，将导致诉讼效率的降低，进而损害公司利益。上述规定中实际上包含了「前置程序豁免的一种情形」，即在“情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害”的情况下，股东可以直接提起股东代表诉讼。

实践中虽然不属于紧急情况，但是股东寻求内部救济不可能达到既定目的或者履行前置程序有困难的情形同样存在前置程序豁免的需要。尤其在被告同时包括董事与监事或公司治理结构不健全监事缺位等情形下，前置程序在客观上根本不可能完成，导致原告股东的代表诉讼陷入困境，阻碍了公司利益的维护。对此，《九民纪要》规定了「前置程序豁免的另一种情形」，“在股东向公司有关机关提出书面申请之时，存在公司有关机关提起诉讼的可能性。如果查明的相关事实表明，根本不存在该种可能性的，人民法院不应当以原告未履行前置程序为由驳回起诉。”

在特定情形下从宽适用前置程序，肯定了法律不应要求当事人徒为毫无意义之行为的理念。

对于股东代表诉讼中能否允许被告提起反诉的问题，理论界与司法界一直存在不同的观点。《九民纪要》根据反诉请求和理由的不同，区分情况规定了反诉受理与不受理的两种情形：如果被告以原告股东恶意起诉侵犯其合法权益为由提起反诉的，人民法院应予受理；如果被告以公司在案涉纠纷中应当承担侵权或者违约等责任为由对公司提出的反诉，因不符合反诉的要件，人民法院应当裁定不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。

不同于股东为维护自身利益提起的直接诉讼，股东代表诉讼的原告股东只享有名义上的诉权，实质上是代表公司行使权利，其诉讼的直接目的是维护公司的利益，间接目的是维护自己与其他股东的利益。

为避免因原告股东与被告通过调解损害公司及其他股东的利益，人民法院应当审查调解协议是否为公司的意思。根据《九民纪要》的规定，只有在调解协议经公司股东（大）会、董事会决议通过后，人民法院才能出具调解书予以确认。至于具体决议机关，取决于公司章程的规定。公司章程没有规定的，人民法院应当认定公司股东（大）会为决议机关。